Arc. Ennies Lobby

Kru berlayar kembali menuju Kota Water 7 untuk memperbaiki Going Merry. Emas yang mereka bawa dari Pulau Langit, mereka tukarkan dengan uang sebesar 300 juta Berry, namun dalam perjalanan uang mereka dirampas oleh Franky Family. Di sini mereka menghadapi banyak masalah; masalah terbesar adalah difitnah sebagai dalang percobaan pembunuhan terhadap Walikota Water 7, Iceburg, dan ternyata dalang di balik semua itu adalah agen World Government, CP9, selain itu Nico Robin juga diculik oleh World Government, CP9. Kelompok Topi Jerami memutuskan untuk menyatakan perang dengan pihak World Government dan mengalahkan semua anggota CP9. Karena peristiwa ini, nilai buruan kelompok ini meningkat pesat.

• Cerita Water Seven

Topi Jerami tiba di Water Seven untuk memperbaiki Going Merry yang mengalami kerusakan parah, disana mereka bertemu dengan galangan kapal Galley La Company yang dipimpin oleh Iceburg. Ternyata menurut Kaku, salah seorang tukang kayu di Galley La, kapal Going Merry tidak akan bisa diperbaiki, dan menyarankan untuk membeli Kapal baru. Situasi ini membuat terjadinya perselisihan antara Luffy dengan Usopp, yang berakhir dengan duel antara Luffy vs Usopp di depan kapal Going Merry. Luffy memenangkan pertarungan dengan susah payah dan memutuskan untuk meninggalkan Usopp beserta Going Merry. Usopp secara 'resmi' keluar dari Crew Topi Jerami. Masalah berlanjut dengan insiden penembakan Iceberg oleh Robin dan salah satu anggota CP9 tanpa sepengetahuan Topi Jerami Crew yang akhirnya kesalahan juga di timpakan ke Topi Jerami Crew. Setelah dicari oleh seluruh penduduk kota, masalah kembali lagi saat CP9 menampakan diri dan menghampiri Iceburg kembali untuk mengambil blueprint kapal legendaris, Pluton. Kaku, tukang kayu ramah yang pernah disebutkan di atas, ternyata salah satu anggota CP9 itu. Saat CP9 akhirnya sadar kalo Iceburg tidak memilikinya, mereka sadar ada orang yang mungkin mengetahui tentang blueprint itu, dan ternyata dimiliki oleh Cuttyflam atau sekarang di kenal sebagai Franky. Fakta pun akhirnya terkuak bahwa Iceburg dan Franky adalah murid dari pembuat kapal tersohor, Tom, yang merupakan sang pembuat kapal raja bajak laut terdahulu, Gol D. Roger. Usopp bertemu Franky dan sempat terjadi perkelahian. Franky memberi tahu bahwa Going Merry tidak mungkin berlayar kembali dan segera membuangnya ke selokan besar. Usopp naik pitam tetapi CP9 muncul dan menangkap keduanya. Mereka pun tertangkap (bersama Robin tentunya) dan dibawa ke Pulau Pengadilan, Enies Lobby. Mengetahui hal itu, Luffy, Zoro, Nami, Sanji dan Chopper dengan segera mengejar CP9. Berkat bantuan Iceburg dan Nenek Kokoro (mantan sekretaris Tom), Topi Jerami Crew pun mengejar CP9 menggunakan kereta api air yang terlupakan, Rocketman.

• Cerita Enies Lobby

CP9 berhasil membawa Robin, Usopp dan Franky, menggunakan kereta api air (Puffing Tom) menuju Enies Lobby. Tanpa mereka sadari Sanji berhasil ikut masuk ke Puffing Tom dan mulai mencari Robin untuk menyelamatkannya. Dengan kemampuannya dia berhasil mengalahkan tiap pimpinan gerbong kereta dan berhasil membebaskan Franky dan Usopp. Setelah itu ketiganya mencoba menyelamatkan Robin, namun ternyata mereka masih kalah oleh kemampuan Blueno, anggota CP9 pemakan buah Doa Doa, yang bisa menciptakan pintu di tempat yang dia inginkan, termasuk di udara, untuk mengambil Robin kembali. Sesampai di Enies Lobby mereka bertemu dengan anggota CP9 yang lain, yaitu Fukurou, Jyabura, dan Kumadori, serta pemimpin mereka Spandam. Di lain pihak, Luffy dan anggota lain yang menyusul ke Enies Lobby bertemu Sanji di tengah laut dan bersama-sama menuju Enies Lobby.Masih ingin ikut, Usopp mencari cara untuk bergabung dan akhirnya dia memakai topeng dan menyamar sebagai SogeKing (bodohnya, hanya Luffy dan Chopper saja yang tertipu). Dengan bantuan hewan piaraan dan teman2 Franky, Luffy dan kawan2 akhirnya bisa masuk Ennies Lobby dan bertemu dengan CP9. Pada awal pertemuan Luffy bertemu dengan Blueno yang bisa dikalahkan dengan mudah oleh Luffy. Setelah itu pertempuran antara CP9 dan Topi Jerami Crew. Luffy vs Rob Lucci, Zoro vs Kaku, Nami vs Califa, SogeKing vs Jyabura (SogeKing hampir kalah, beruntung Sanji datang), Franky vs Fukurou, dan Chopper vs Kumadori. Chopper sempat masuk ke mode rampage dan tak terkendali ketika dia memakan 3 Rumble Ball berturut-turut, tapi akhirnya disadarkan oleh Franky. Akhirnya ke semua anggota CP9 bisa dikalahkan oleh Luffy dkk. serta Robin berhasil diselamatkan. Enies Lobby pun dihancurkan oleh angkatan laut dengan Buster Call, suatu teknik pemusnahan massal yang juga telah memporak-porandakan kampung halaman Robin dahulu, Pulau Ohara. Yang menarik di cerita ini adalah, semua anggota Topi Jerami Crew mengeluarkan jurus baru untuk mengalahkan anggota CP9! Bahkan, SogeKing dapat menembak jatuh Spandam dari jarak yang sangat sangat sangat jauh! karena tembakan inilah Spandam gagal membawa kabur Robin. Kemudian Topi Jerami Crew kabur dengan menaiki kapal Going Merry yang datang dengan sendirinya untuk menjemput Topi Jerami Crew. Di tengah jalan Kapal Going Merry terbelah karena memang sudah tidak apat berlayar lagi. Kemudian Luffy memutuskan untuk memakamkan Going Merry. Kemudian Topi Jerami Crew berlayar dengan kapal yang telah di buatkan oleh Franky dan Iceburg. Dan Luffy juga mengajak Franky menjadi krunya sebagai tukang kapalnya. Saat hendak berlayar Topi Jerami Crew di serang oleh kakek Luffy, Monkey D. Garp, yang merupakan Wakil Admiral angkatan laut.